第一，充分利用土壤中各種營養元素，提高肥料利用率。各種蔬菜有不同的需肥規律，實行輪作可使各種主要營養元素得到較充分的吸收利用，使土壤中各主要營養元素之間保持相對平衡。蔬菜作物中，有速生葉菜類，蔥蒜類等淺根性作物，也有根菜類、茄果類、豆類、瓜類（黃瓜除外）等深根性作物，如果將它們相互輪作，就可使土壤淺層和較深層的營養元素都得到吸收利用，土壤肥力和肥料的吸收利用率明顯提高。

第二，有利于改良土壤結構，提高土壤肥力。種植不同蔬菜作物，所留給土壤有機質數量不同，如豆類和深根性的瓜類蔬菜，可留給土壤較多的有機質。另外，不同蔬菜往往施用不同種類和數量的肥料，如種黃瓜、番茄、大白菜，常施入較多的有機肥和化肥，在輪作中安排這幾種蔬菜，有利于增加土壤有機質，改良土壤結構，不斷提高土壤肥力。

通過合理輪作，有利于控制和減少某些病害的發生，也是檢查輪作是否得當的主要標志。例如，大蒜是須根系類型，土壤下層養分難以吸收，同時它的根系在生長過程中分泌一種大蒜素，對多種細菌、真菌等有較強的抑制作用。大蒜后茬栽培大白菜，地力肥沃，軟腐病很少發生。因為將不同科、不同種的蔬菜相互輪作，可以使病原物失去寄主，或改變了病原物的生存條件，達到消滅和減少病原物，進而控制或減少病害發生。菜田，實行嚴格的輪作，有條件的實行糧菜輪作，水、旱輪作，是控制某些土壤傳染病病害行之有效的措施。